Hierarchy For All Packages

Package Hierarchies:

• org.rcsb.strucmotif,
• org.rcsb.strucmotif.align,
• org.rcsb.strucmotif.config,
• org.rcsb.strucmotif.core,
• org.rcsb.strucmotif.domain,
• org.rcsb.strucmotif.domain.align,
• org.rcsb.strucmotif.domain.motif,
• org.rcsb.strucmotif.domain.query,
• org.rcsb.strucmotif.domain.result,
• org.rcsb.strucmotif.domain.structure,
• org.rcsb.strucmotif.io,
• org.rcsb.strucmotif.math

Class Hierarchy

• java.lang.Object
  • java.util.AbstractCollection<E> (implements java.util.Collection<E>)
    • java.util.AbstractList<E> (implements java.util.List<E>)
      • org.rcsb.strucmotif.math.Partition<T>
  • org.rcsb.strucmotif.math.Algebra
  • org.rcsb.strucmotif.domain.align.AlignmentResultImpl (implements org.rcsb.strucmotif.domain.align.AlignmentResult)
  • org.rcsb.strucmotif.domain.align.AtomCorrespondence
  • org.rcsb.strucmotif.domain.result.Hit
  • org.rcsb.strucmotif.core.HitScorer
  • org.rcsb.strucmotif.domain.motif.IndexResiduePairIdentifier (implements org.rcsb.strucmotif.domain.motif.ResiduePairIdentifier)
  • org.rcsb.strucmotif.domain.structure.IndexSelection (implements org.rcsb.strucmotif.domain.structure.Selection)
  • org.rcsb.strucmotif.io.InvertedIndexImpl (implements org.rcsb.strucmotif.io.InvertedIndex)
  • org.rcsb.strucmotif.domain.motif.InvertedIndexResiduePairIdentifier (implements org.rcsb.strucmotif.domain.motif.ResiduePairIdentifier)
  • org.rcsb.strucmotif.core.KruskalMotifPruner (implements org.rcsb.strucmotif.core.MotifPruner)
  • org.rcsb.strucmotif.domain.structure.LabelSelection (implements org.rcsb.strucmotif.domain.structure.Selection)
  • org.rcsb.strucmotif.MotifSearch
  • org.rcsb.strucmotif.MotifSearchApplication
  • org.rcsb.strucmotif.config.MotifSearchConfig
  • org.rcsb.strucmotif.domain.query.MotifSearchQuery
  • org.rcsb.strucmotif.domain.result.MotifSearchResult
  • org.rcsb.strucmotif.core.MotifSearchRuntimeImpl (implements org.rcsb.strucmotif.core.MotifSearchRuntime)
  • org.rcsb.strucmotif.core.NoOperationMotifPruner (implements org.rcsb.strucmotif.core.MotifPruner)
  • org.rcsb.strucmotif.domain.Pair<F,S>
  • org.rcsb.strucmotif.domain.query.Parameters
  • org.rcsb.strucmotif.domain.query.PositionSpecificExchange
  • org.rcsb.strucmotif.align.QuaternionAlignmentService (implements org.rcsb.strucmotif.align.AlignmentService)
  • org.rcsb.strucmotif.domain.query.QueryBuilder
  • org.rcsb.strucmotif.domain.query.QueryBuilder.MandatoryBuilder
  • org.rcsb.strucmotif.domain.query.QueryBuilder.OptionalStepBuilder
  • org.rcsb.strucmotif.domain.query.QueryStructure
  • org.rcsb.strucmotif.domain.structure.ResidueGraph
  • org.rcsb.strucmotif.domain.structure.ResidueGrid
  • org.rcsb.strucmotif.domain.motif.ResiduePairDescriptor
  • org.rcsb.strucmotif.domain.motif.ResiduePairOccurrence
  • org.rcsb.strucmotif.domain.structure.Revision
  • org.rcsb.strucmotif.io.StateRepositoryImpl (implements org.rcsb.strucmotif.io.StateRepository)
  • org.rcsb.strucmotif.domain.structure.Structure
  • org.rcsb.strucmotif.io.StructureDataProviderImpl (implements org.rcsb.strucmotif.io.StructureDataProvider)
  • org.rcsb.strucmotif.domain.structure.StructureInformation
  • org.rcsb.strucmotif.io.StructureReaderImpl (implements org.rcsb.strucmotif.io.StructureReader)
  • org.rcsb.strucmotif.io.StructureWriterImpl (implements org.rcsb.strucmotif.io.StructureWriter)
  • org.rcsb.strucmotif.core.TargetAssemblerImpl (implements org.rcsb.strucmotif.core.TargetAssembler)
  • org.rcsb.strucmotif.domain.result.TargetStructure
  • org.rcsb.strucmotif.core.ThreadPoolImpl (implements org.rcsb.strucmotif.core.ThreadPool)
  • java.lang.Throwable (implements java.io.Serializable)
    • java.lang.Exception
      • java.lang.RuntimeException
        • java.lang.IllegalArgumentException
          • org.rcsb.strucmotif.core.IllegalQueryDefinitionException
  • org.rcsb.strucmotif.domain.result.Timer
  • org.rcsb.strucmotif.domain.result.Timings
  • org.rcsb.strucmotif.domain.Transformation

Interface Hierarchy

• org.rcsb.strucmotif.domain.align.AlignmentResult
• org.rcsb.strucmotif.align.AlignmentService
• org.rcsb.strucmotif.io.InvertedIndex
• org.rcsb.strucmotif.core.MotifPruner
• org.rcsb.strucmotif.core.MotifSearchRuntime
• org.rcsb.strucmotif.domain.motif.ResiduePairIdentifier
• org.rcsb.strucmotif.domain.structure.Selection
• org.rcsb.strucmotif.io.StateRepository
• org.rcsb.strucmotif.io.StructureDataProvider
• org.rcsb.strucmotif.io.StructureReader
• org.rcsb.strucmotif.io.StructureWriter
• org.rcsb.strucmotif.core.TargetAssembler
• org.rcsb.strucmotif.core.ThreadPool

Enum Hierarchy

• java.lang.Object
  • java.lang.Enum<E> (implements java.lang.Comparable<T>, java.lang.constant.Constable, java.io.Serializable)
    • org.rcsb.strucmotif.domain.motif.AngleType
    • org.rcsb.strucmotif.domain.align.AtomPairingScheme (implements java.util.function.Predicate<T>)
    • org.rcsb.strucmotif.domain.motif.DistanceType
    • org.rcsb.strucmotif.config.InMemoryStrategy
    • org.rcsb.strucmotif.domain.structure.LabelAtomId
    • org.rcsb.strucmotif.config.MotifPruningStrategy
    • org.rcsb.strucmotif.Motifs
    • org.rcsb.strucmotif.domain.motif.Overlap (implements java.util.function.BiPredicate<T,U>)
    • org.rcsb.strucmotif.domain.structure.PolymerType
    • org.rcsb.strucmotif.domain.structure.ResidueType